今天去拜会一个让我敬重的朋友，一是因为他比我大，二是他行业知识渊博，最重要是为人真诚，乐观助人。期间谈到我们这一行业蛋鸡产蛋率问题。
近两年蛋鸡普遍存在蛋鸡产蛋高峰上不去，就是上去了也维持不了多长时间，寡产低产甚至停产蛋鸡出现多。围绕这一话题讨论很多，朋友的观点值得思考：1.传支问题，造成低产原因和雏鸡、青年鸡所用疫苗有关系，把用于肉鸡生产的传支疫苗用于蛋鸡，造成蛋鸡在生长期生殖器官发育受损。2.所用疫苗原材料有纰漏，以假充真，所用鸡胚并不是SPF级的，容易带野毒。3.滑液囊支原体预防措施，不赞成注射所谓的神药，关键是把鸡的体质搞好，一把土霉素就可预防。……
三人行必有我师，二人挚交交流必有所获，朋友的观点或许还有片面之处，学习之，待日后验证。鸡输卵管中微生物群落的表征和鸡胚肠道微生物群的起源
新孵化的雏鸡的肠道微生物群被认为起源于附着在蛋壳上的粪便或环境污染物。最近的一项研究表明，根据对母鸡粪便和胃肠道菌群的比较，从母鸡到雏鸡的微生物群遗传；母鸡来源的微生物群通过输卵管中的卵子形成过程传播到胚胎也有人提出。
母鸡用不含任何益生菌和抗生素的商业鸡饲料喂养。从23周龄母鸡中收集产卵前输卵管样品。每周在母鸡产卵时进行人工授精。精液是从当地的蛋鸡农场捐赠的。从每只母鸡身上收集后代鸡蛋，并用CLASSIQ拭子擦拭蛋壳表面至少2 cm²的区域。然后在产蛋当天将其悬浮在2 mL的PBS中。
为了研究环境细菌从蛋壳转移到鸡胚肠道的可能性，我们没有对蛋壳进行消毒，而是在擦拭前用消毒器械处理鸡蛋。用CLASSIQ拭子擦拭母鸡的泄殖腔，然后悬浮在4mL的PBS中;使用带有17 G针头的注射器从每个鸡蛋中收集18 mL蛋清。
每只母鸡的一些受精卵被孵化18天，然后收集1天大的胚胎的盲肠并使用无菌手术器械切碎。将切碎的ceca转移到16 mL灭菌的PBS中进行DNA提取。从34周龄蛋鸡中收集输卵管样本。从34周龄未成熟SPF母鸡和1周龄产蛋SPF母鸡中收集输卵管的大块。
用手术刀刀片的背面刮擦并悬浮在20mL的PBS中并储存在-24°C直至DNA提取。共使用14个输卵管、14个蛋清、14个蛋壳、14个泄殖腔和鸡胚盲肠样品进行DNA提取和测序。这些组的相对分类群丰度以平均百分比值表示。阿尔法多样性是使用Faith PD和Shannon指数测量的。
构建β多样性图以使用未加权的UniFrac可视化样品的分类划分。为了评估微生物群落与输卵管、卵子和胚胎肠道内的采样位置之间的关联，在2个样本的未加权 UniFrac 距离矩阵上进行了在 QIIME63 中实施的成对 PERMANOVA 和 ANOSIM 分析。PERMANOVA的意义是通过999次排列测试获得的。
我们从产蛋的韩国商业品种母鸡的四个输卵管的不同部分收集了16个样本，以分析鸡生殖道中微生物群落的组成。成对排列多变量方差分析基于未加权的UniFrac矩阵进行。沿鸡生殖道的微生物组成没有显著差异。韩国商品品种母鸡超过99%的生殖道微生物群在门水平上由厚壁菌、变形杆菌、梭杆菌、拟杆菌和放线菌组成。
为了检查鸡生殖道微生物群因品种而异，我们从16周大的SPF母鸡中收集了34个马格南样本。其中，我们使用了13个通过质量过滤的数据样本。在门水平上，厚壁菌、变形菌、拟杆菌和放线菌占SPF种母鸡大质菌群的>99%。梭菌仅占人口的0.22%±0.42%，而它占韩国商业品种微生物群的6.902%。
未成熟母鸡组的Faith PD和Shannon指数值显著低于成熟母鸡，且个体方差较大。在2D PCoA图中，未成熟的母鸡组与属于两个不同鸡品种的成熟母鸡组分离。由于未成熟母鸡大鸡的PD值和香农指数明显低于成熟母鸡和输卵管的其他部分，我们对微生物组进行了随机森林测试和分析。
以确定区分成熟母鸡和未成熟母鸡微生物群的关键属。在属水平上观察到的281个分类群中，未分类的诺卡菌科、缓根菌科和0319-6G20和黄杆菌属、巨单胞菌和缓根瘤菌属在成熟和未成熟SPF母鸡中微生物群的丰度上显示出显著差异。
样本被分为每个类别，总体模型精度为1，基线精度为0.6。核心属分别由韩国商业品种鸡和SPF鸡的19属和11属组成。其中，未分类的肠杆菌科以及假单胞菌，乳酸杆菌，巨单胞菌，拟杆菌和Oscilospira属在所有成熟的母鸡和韩国商业品种母鸡的输卵管的其他部位中发现。
为了详细比较母鸡和后代胚胎的微生物群落，我们使用了总共55个来自母鸡泄殖腔、蛋壳、后代蛋清和用于大样采样的SPF母鸡后代鸡胚的盲肠的样本。属水平的相对分类群丰度图显示，蛋清和胚盲肠具有相似的微生物组成，但多样性低于母鸡泄殖腔或大母鸡。
这是第一项使用宏基因组学方法检查母鸡输卵管、后代鸡蛋和鸡胚微生物群的研究。结果表明，随着鸡的成熟，输卵管微生物群的细菌属多样性增加。与人类和非人类哺乳动物相比，成熟的鸡生殖道微生物群显示出不同的组成模式。
母体输卵管微生物群中存在的某些细菌种类占胚胎盲肠细菌群的大部分，尽管其中少数可以培养，这表明母体输卵管微生物群可以在卵子形成过程中部分转移给后代。这些发现表明，通常被认为是无菌的蛋清含有细菌种子，这些种子将成为胚胎的肠道微生物群。