欧洲沙丁鱼是一种小型近海鱼类，分布于东北大西洋的温带边界流，一直延伸到非洲西海岸的佛得角，以及整个地中海直至黑海。
通常认可两个亚种：Sardinapilcharduspilchardus分布于东北大西洋和北海，而S.pilchardussardina分布于地中海、黑海及北非海岸一直延伸至佛得角。
与Clupeidae家族的其他成员和矶鲥一样，沙丁鱼在种群数量上经历强烈的波动，这可能反映了环境波动，包括气候变化。
沙丁鱼在其分布范围内具有重要的经济和社会意义，据报道，2016年欧洲水域的商业捕获量为72,183吨。
在葡萄牙，沙丁鱼是一种标志性的、备受文化尊崇的鱼类，在全国范围内的夏季节日等旅游活动中起着重要作用。
然而，最近的渔业资源评估数据强烈表明伊比利亚半岛的沙丁鱼渔业受到威胁。国际海洋勘探委员会最近的一份报告指出，伊比利亚大西洋沿岸的沙丁鱼库存大幅下降。
最近几年，它在历史低值附近波动，表明伊比利亚大西洋沙丁鱼库存面临严重的崩溃风险。通过形态测量方法已经确定了许多沙丁鱼种群。
这些条件直接影响了沙丁鱼渔业的补充量，由于表型可塑性，形态特征受环境条件和定义这些种群的遗传基因的影响很大，因此一直难以确定这些种群的遗传特征。
尽管亚种和局部种群的识别可能表明存在重要的遗传结构，但沙丁鱼的大规模种群和广泛的迁徙可能增加了基因流动性并减少了种群差异。
最广泛地说，在该物种分布范围内，种群遗传差异很小，表明存在一个杂交种群。现在已经广泛认识到，要充分了解具有进化和生态学重要性的性状的遗传基础。
需要评估不同个体或种群的基因和调控元素组成，我们提供了欧洲沙丁鱼的初步基因组。
这是评估沙丁鱼种群的遗传结构以及对这种小型底栖鱼的生活史和生态性状进行遗传研究的必要工具，这对于保护和渔业管理将是至关重要的。
沙丁鱼是在葡萄牙奥利昂近海水域进行的商业捕捞作业中捕获的，并在葡萄牙海洋与大气研究所的实验性鱼类养殖设施中保持活态。
一只成年雌性鱼被用2-苯氧乙醇麻醉，用肝素化注射器收集血液，然后通过颈部切割方式将鱼杀死。
总共解剖出11种组织，包括鳃和鳃弓、肝脏、脾脏、卵巢、中肠、白肌肉、红肌肉、肾脏、头肾、脑和垂体、以及包括皮肤、鳞片、骨骼和软骨的尾鳍。
这些组织都被存放在室温下的RNAlater中，然后冷冻存储在-20°C。鱼类的养护和样品采集遵循了欧盟理事会的指南以及葡萄牙兽药管理局的指导方针。
后者是葡萄牙动物保护的主管机关，隶属于葡萄牙农业、农村发展和渔业部。总RNA使用总RNA纯化试剂盒提取，并经过两次DNase消化。
总RNA样本在-80°C保存，直到发运到RNA测序服务提供商AdmeraHealthCo，该服务提供商在样本到达后通过QubitTapestation确认RNA完整性指数>8。
通过脉冲场凝胶电泳确认了gDNA的完整性，显示出片段大小主要大于50千碱基对。在将gDNA发运到服务提供商之前，gDNA存储在-20°C。
使用LabChipGXTouch确定Chromium文库的大小范围为580-850bp，使用定量聚合酶链反应确定文库产量为6.5-40nM。
尽管沙丁鱼基因组中存在大量的重复序列和杂合性，这些因素对于新基因组组装构成挑战，但使用10xGenomics链接读取技术获得了一个相当充分的草案基因组。
与典型的短读取数据相比，链接读取在新基因组组装中的优势是明显的，特别是对于具有高度杂合基因组的野生物种。
在后者中，通常会导致许多未捕获的基因组区域，并且由于重复内容而导致较低的脚手架产量。
在这里发现的沙丁鱼基因组中的高度杂合性说明了使用低分辨率的遗传数据监测沙丁鱼种群未来可能面临的问题。
本研究中获得的分阶段SNP可以用于启动用于种群监测的SNP遗传图谱的开发，其中包括代表性的单倍型块的SNP，从而可以洞察到跨种群的连锁不平衡模式和单倍型块的结构。
本文报道的基因组和转录组资源是未来研究的重要工具，可用于阐明沙丁鱼对伊比利亚大西洋沿岸沙丁鱼种群招募和崩溃的原因的生理、种群遗传学和生态学响应。
除了商业利益外，沙丁鱼还在海洋生态系统中的关键营养级扮演着重要角色，通过将能量从初级生产者传递到食物链的顶级捕食者。
破坏沙丁鱼种群平衡可能会通过营养级串级效应影响整个食物链，这些基因组和遗传资源是开发监测沙丁鱼种群状况的工具的前提，从而为海洋环境的健康提供了重要的生物监测系统。小沙丁鱼干
选择方法：选择表面松干的为佳。发粘的鱼干说明陈放太久，最好不要购买。
保存方法：水分较少的小沙丁鱼干用铝箔纸包住，装进塑料袋中进行冷冻。水分较多的小沙丁鱼干进行冷藏保存。
成分与功效：与成鱼相比，钙质更丰富。
将鳀鱼，沙丁鱼，润木鳁的鱼苗制成小鱼干。小鱼干中钙的含量是成鱼的9倍。由于钙质含量丰富，镁也不断增多，具有调节肌肉收缩的功效。小鱼干中的维生素D能提高人体对钙的吸收。
但小沙丁鱼干本身盐分较多，烹饪时应少放盐。
饮食搭配技巧：搭配青梗菜食用预防骨质疏松
小沙丁鱼中的维生素D能促进人体对青梗菜中钙的吸收。青梗菜中的膳食纤维具有抑制人体吸收胆固醇的作用。